Une cholestase gravidique associée au traitement par l'azathioprine a été occasionnellement rapportée. Une surveillance des taux de 6-méthyl-mercaptopurine (6-MMP) doit être envisagée en présence d'un prurit associé à une élévation des taux sériques totaux d'acides biliaires maternels pendant le second trimestre de la grossesse afin d'établir un diagnostic précoce et de minimiser l'impact sur le fœtus. En présence d'une cholestase gravidique, une évaluation individuelle est nécessaire en tenant compte du rapport bénéfice/risque du produit (possibilité d'arrêt du traitement/de réduction de la dose).

Chez les patientes qui reçoivent de l'azathioprine, une mort fœtale associée à la cholestase gravidique a été rapportée.

L'administration d'analogues des purines (azathioprine et mercaptopurine) peut interférer avec la voie de la niacine et potentiellement donner lieu à un déficit en acide nicotinique/à une pellagre. Quelques cas ont été signalés avec l'utilisation d'azathioprine, en particulier chez des patientes atteintes de maladies intestinales chroniques inflammatoires  (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique). Le diagnostic de pellagre doit être envisagé chez toute patiente présentant une éruption cutanée pigmentée localisée (dermatite), une gastro-entérite (diarrhée) et des déficits neurologiques généralisés, incluant un déclin cognitif (démence). Il se peut qu'une réduction de la dose ou un arrêt du traitement par azathioprine ne soit pas nécessaire si l'on instaure un traitement médical adéquat avec une supplémentation en niacine/nicotinamide. Une évaluation rigoureuse individuelle du rapport bénéfice/risque reste néanmoins nécessaire.